Bộ máy đơn vị được cơ cấu tổ chức và phân công trách nhiệm trên cơ sở Quyết định số 1604/QĐ-UBND ngày 11 tháng 6 năm 2024 của UBND tỉnh Quảng Bình ban hành Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Trung tâm Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Quảng Bình. Cơ cấu tổ chức bộ máy hiện tại gồm:

1. Ban Giám đốc: 01 Giám đốc và 02 Phó Giám đốc.

2. Phòng Tổ chức - Hành chính (viết tắt là phòng TCHC).

3. Phòng Kế hoạch - Kỹ thuật (viết tắt là phòng KHKT).

4. Phòng Quản lý cấp nước (viết tắt là phòng QLCN).

5. Trạm cấp nước Lệ Ninh.

6. Trạm cấp nước Thanh Trạch.

7. Trạm cấp nước Tiến Hóa.

8. Trạm cấp nước Ba Đồn.

Các trạm cấp nước khác hình thành trong tương lai.